בתקופת הסכמי אוסלו עם ישראל חווה אסונות קשים מנשוא יום רדף יום והטרור היכה בכל רחבי הארץ אוטובוסים התפוצצו, ופיגועים רבים. הרב זצ"ל נשא את הכאב והעתיר תפילות וכנסי זעקה ותפילה להמתיק רחמים על ישראל.

הרב אבן דנאן, אז אברך צעיר,שהיה קרוב מאוד אל מרן הרב זצ"ל ,התמנה להיות ממארגני עצרות התפילה על פי הנחיות מדוייקות של הרב, מתי, היכן ,ואלו צדיקים לזמן להיות שליחי ציבור, .וכן היה שותף בארגון תפילות לביטול הגזרות ,שנעשו בהרכבים מצומצמים עם צדיקים נסתרים.

הרב אבן דנאן  מספר: "בסוף כל עצרת תפילה,הרב היה שמח ופניו היו קורנות ביותר. ציבור המתפללים לא ידע שתאריך ועת עצרת התפילה נקבעו זמן רב מראש על ידי מרן הרב זצוק"ל, ורק לאחר קיום העצרת היה מתגלה ומתברר שבדיוק בזמן התפילה- נמנע אסון גדול! ורווח והצלה עמד ליהודים! ,הרב ראה את  האחריות לכלל ישראל כמשימה המרכזית של חייו ועסק בה לילות כימים ללא ליאות, מעבר לפעילות הענפה בה הרב היה עסוק עם הציבור ועם יחידים ,לשיעורי ההלכה ולכתיבה ,היה זה מפגש עם מימד על טבעי של מסירות" 

הרב  אבן דנאן פנה אל  מרן הרב וציין שבכולל בו למד ,פנו אליו עקב הזמן הרב שהוא הקדיש לנושא עצרות התפילה. והסבירו שזה בעייתי וזהו זמן ללמוד. הרב זצוק"ל שלח עם הרב אבן דנאן קריאה לראש הכולל להצטרף אף הוא למהלך ולתת מזמנו בעצמו למשימה הזאת שהיא המשימה העליונה שה' דורש מאיתנו בעת הזאת.

 הרב אבן דנאן  מתאר ניסים גלויים שהתרחשו בארגון הכנסים האלו ובעצרות התפילה. ביחוד זכורה עצרת תפילה שהתקיימה בכותל באותו זמן שבספריה של ישיבת מרכז לצעירים התרחש הפיגוע הרצחני, ומכיוון שהרבה בחורים השתתפו בעצרת, היתה הספריה ריקה יחסית, ונמנע אסון גדול הרבה יותר.

.כן בזמן עצרת תפילה נוספת שמרן הרב ביקש לארגנה בדחיפות לעוד שבוע בישיבת "ניות ברמה" של הרב המקובל שמואל דרזי זצוק"ל ברחוב רש"י סמוך לשוק מחנה יהודה,  ובאמצע התפילה הרב הפסיק לפתע את התפילה, וביקש מהנוכחים "תכוונו שמה שרוצים לעשות לנו הישמעאלים לא יצלח!", המשכנו בתפילה עם חרדה בלב, ולפתע נשמע פיצוץ עז מרחוק, בסוף התפילה התברר שרכב תופת היה ממוקד מטרה לדרוס ולפגוע במאות ילדים שיצאו באותה שעה מהתלמוד תורה, ליד מחנה יהודה, אך משאית הובלה חסמה רגע לפני את הרחוב הצר המוביל לת"ת. המחבלים ימ"ש פיצצו את הרכב, ולצערנו נגבו שני קורבנות יקרים הי"ד, אך מאות ילדים שהיו באותה עת מאחורי המשאית ניצלו בנס.

הרב אבן דנאן  יצא למשימה, והתחיל במסירת שיעורים לציבור הרחב ובהנהגת קהילת "אהבה ואחוה" בצפון העיר רחובות, יחד עם עבודתו כר"מ בישיבות  תיכוניות. כלל השיעורים והפעילות הודרכו ישירות בקשר ישיר ורציף ע"י מרן הרב זצוק"ל. כשהמטרה בכלל העשיה היתה לחזק ולרומם כל יהודי בתפקיד שלו: "שאו את ראש כל עדת ישראל". 

בכל שנה ניגש הרב אבן דנאן למרן הרב זצ"ל, בשאלה אם להמשיך בפעילות החינוכית כר"מ, או לשוב ללימוד בכולל, ותשובת הרב נחרצת: "להמשיך בחינוך"!

רק בשנה האחרונה לפני נפילתו של מרן הרב למשכב, ההדרכה השתנתה , וההוראה לרב אבן דנאן היתה:"לחזור לכולל ללימודי הלכה לעומק". מאת ה' היתה זאת, ובאופן פלאי התברר שהשנה הזאת היתה נדרשת ביותר על מנת לרכז כוחות לטובת המפעל הגדול של ההקמה של בית המדרש "עטרת מרדכי אליהו", שנוסד שנה אחר כך, מיד לאחר פטירת הרב זצ"ל.

פטירת מרן הרב בסיון התש"ע, היתה (ועודנה) שעה קשה לכל תלמידי ואוהבי  מרן הרב הרבים, ונולד צורך ורצון עז להשיב למרן הרב כל תגמולוהי עליו, ולהקים ישיבה על קברו. 

בתוך ימי ה 30 להסתלקות מרן, פנה הרב אבן דנאן לרבי אלעזר אבוחצירא זצוק"ל, ושאל אותו מה כדאי להקים לעילוי נשמת מרן הרב זיע"א – כולל יום או כולל חצות? תשובתו של רבי אלעזר זצוק"ל הפתיעה: "למה או זה או זה? תקים גם זה וגם זה!"

הרב אבן דנאן  הקשה: "הרב, איך נקים? אין לנו שום אמצעי או ידע על גיוסים ושום תקציב?" רבי אלעזר פסק: "תתחיל, ותהיה ברכה"! ובאמת כך היה, חודשים ספורים לאחר פטירת מרן הרב אליהו זצ"ל, באירוע רב משתתפים הוקמו  שני הכוללים- כולל יום וכולל חצות, ולאחריהם בית התמחוי ובית הכנסת. במשכן זמני.

במקביל, התחילו הרב אבן דנאן יחד עם חבורה יקרה בכתיבת ספר תורה לעילוי נשמת מרן הרב, ולע"נ צדיקי משפחת אבוחצירא זיע"א.   במהלך הכתיבה ניגש הרב לצדיק רבי דוד אבוחצירא שליט"א, ושאל: "הרב, יהיה ספר תורה מהודר, אבל אין  לאן להכניס אותו?" תשובתו של הרב באה בפשיטות ותמימות: "אור כזה גדול לא יקבל כלי נאה ובית נאה?! עוד  לפני סיום כתיבת הספר ימצא לו מקום מפואר!".

גם ברכה זאת התקיימה במלואה. ובזכות הירתמות של הציבור, שפתחו את לבבם ונעשו שותפים להקמת בית לתורה וחסד ,נרכש במשך השנים המבנה הקיים, ובו חגגו את הכנסת ספר התורה